Το 1962 συγκροτήθηκε στην Αθήνα Κεντρική Επιτροπή Αγώνος Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, με μοναδικό σκοπό «την αποτελεσματικωτέραν διεκδίκησιν και ευρυτέραν δυνατήν προβολήν του δικαίου ηπειρωτικού αιτήματος της ίδρυσης εις τα Ιωάννινα του Γ’ Πανεπιστημίου ή ανεξαρτήτων μετεκπαιδευτικών θεωρητικών ή τεχνικών σχολών». Σε προκήρυξή της, η Επιτροπή, τον Ιούλιο του 1962, καλούσε κάθε επίσημο και ανεπίσημο φορέα, όπως και κάθε Ηπειρώτη, να δραστηριοποιηθούν για την υλοποίηση του παραπάνω αιτήματος.

Η κυβερνητική μεταβολή, που συντελέστηκε το 1964, τροποποίησε με νέο νόμο την οργάνωση και τη διοίκηση των σχολείων. Μέσα στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής μεταρρύθμισης, στις 8 Μαΐου του 1964, εξαγγέλθηκε από τον ημερήσιο τύπο η ίδρυση Τμήματος της Φιλοσοφικής Σχολής στα Ιωάννινα, ως παραρτήματος της ίδιας Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Το Τμήμα ιδρύθηκε με το υπ’ αριθμ. 735/64 Β.Δ. και άρχισε τη λειτουργία του το ακαδημαϊκό έτος 1964 – 65 με διακόσιους φοιτητές. Αρχικά το Τμήμα στεγάστηκε στο παλαιό κτίριο της Ζωσιμαίας Παιδαγωγικής Ακαδημίας. Μια πτέρυγα του ίδιου κτιρίου, που κατείχε το στρατιωτικό νοσοκομείο 406, παραχωρήθηκε από τις στρατιωτικές αρχές για την κάλυψη των πρώτων διοικητικών και διδακτικών αναγκών. Για τον ίδιο λόγο, μετατράπηκε σε αίθουσα διδασκαλίας η μεγάλη αίθουσα τελετών της Ακαδημίας. Τα επίσημα εγκαίνια έγιναν στις 7 Νοεμβρίου 1964.

    Το δεύτερο Πανεπιστημιακό έτος 1965 – 66, το Τμήμα μεταστεγάστηκε στο νέο διδακτήριο που προοριζόταν για την Τεχνική Σχολή Ιωαννίνων. 0 τότε υφυπουργός Προεδρίας Γεώργιος Μυλωνάς, Υφυπουργός Παιδείας στη θέση του Λουκή Ακρίτα που απεβίωσε, όχι μόνο ευνόησε τη μεταστέγαση του Τμήματος, αλλά και προώθησε τον προγραμματισμό και την ίδρυση πανεπιστημιούπολης στην περιοχή της μονής Δουρούτης.

    Το 1966 ιδρύθηκε το Τμήμα Μαθηματικών, που υπαγόταν στη Φυσικομαθηματική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης με το υπ’ αριθμ. 223/66 Β.Δ.

    Το 1970 με το υπ’ αριθμ. 746/70 Ν. Δ. ιδρύθηκε ανεξάρτητο Ανώτατο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα (Α.Ε.Ι.) στα Ιωάννινα. Με το ίδιο διάταγμα ιδρύεται το Τμήμα Φυσικής, το οποίο μαζί με το Τμήμα Μαθηματικών απαρτίζουν τη Φυσικομαθηματική Σχολή.

    Το 1976 με το υπ’ αριθμ. 723/76 Π. Δ. ιδρύθηκε το Τμήμα Χημείας, που δέχτηκε τους πρώτους φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος Ί977 – 78.

    Το 1977 ιδρύεται με το υπ’ αριθμ. 63/77 Ν. η Ιατρική Σχολή.

    Το 1982 ιδρύονται τα Παιδαγωγικά Τμήματα Δημοτικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Δ.Ε.) και Νηπιαγωγών (Π.Τ.Ν.) με το υπ’ αριθμ. 1268/82 Ν.

    Το 1983 συγκροτείται με το Π.Δ. 128/83 η Σχολή Θετικών Επιστημών, με τρία (3) Τμήματα: Μαθηματικών, Φυσικής, Χημείας.

    Το 1984 αρχίζει τη λειτουργία του το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης.

    Το 1984 η Φιλοσοφική Σχολή κατατέμνεται σε τρία Τμήματα, που είναι το Τμήμα Φιλολογίας, το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας και το Τμήμα Φιλοσοφίας -Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας (Π.Δ. 445/84).

    Το 1987 λειτούργησε για πρώτη φορά το Παιδαγωγικό Τμήμα Νηπιαγωγών.

    Το 1990 με το υπ’ αριθμ. Π.Δ. 148/90 ιδρύθηκε το Τμήμα Πληροφορικής στη Σχολή Θετικών Επιστημών, το οποίο άρχισε τη λειτουργία του το ακαδημαϊκό έτος 1993 – 94.

    Το 1996 ιδρύθηκε η Σχολή Επιστημών Αγωγής, στην οποία υπάγονται τα Παιδαγωγικά Τμήματα Δημοτικής Εκπαίδευσης και Νηπιαγωγών (Π. Δ. 406/95).

    Το ακαδημαϊκό έτος 1998 – 99 αρχίζει τη λειτουργία του το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών, το οποίο ιδρύθηκε με το υπ’ αριθμ. 364/96 Π. Δ.

    Με το Π. Δ. 96/ 98 ιδρύθηκε η Πανεπιστημιακή «Σχολή Διαχείρισης Φυσικών Πόρων και Επιχειρήσεων» με έδρα το Αγρίνιο και δύο Τμήματα: Τμήμα Διαχείρισης Περιβάλλοντος και Φυσικών Πόρων και Τμήμα Οργάνωσης και Διαχείρισης Αγροτικών Εκμεταλλεύσεων, το οποίο με το Π.Δ. 110/2006 μετονομάστηκε σε Τμήμα Διοίκησης Αγροτικών Προϊόντων και Τροφίμων. Την εποπτεία της Σχολής, μέχρι την ανεξαρτητοποίησή της, έχει η Σύγκλητος του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.

    Από το 1999 άρχισε η λειτουργία τριών νέων Τμημάτων: α) του Τμήματος Μηχανικών Επιστήμης Υλικών από το ακαδ. έτος 1999 – 2000, ίδρυση με το Π.Δ. 207/99 ως Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών και μετονομασία σε Τμήμα Μηχανικών Επιστήμης Υλικών με το Π.Δ. 26/2009, β) του Τμήματος Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών (Π. Δ. 207/99) και γ) του Τμήματος Πλαστικών Τεχνών και Επιστημών της Τέχνης (Π.Δ. 85/2000).

    Το 2002 ιδρύθηκε η Σχολή Επιστημών και Τεχνολογιών, στην οποία εντάχθηκαν το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών, που μετονομάστηκε σε Τμήμα Μηχανικών Επιστήμης Υλικών και το Τμήμα Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών (Π.Δ. 182/2002).

Επίσης, με το Ν.3255, άρθρο 1γ (ΦΕΚ 138/22-7-2004 τ.Α’) άρχισε από το ακαδημαϊκό έτος 2004-2005 να λειτουργεί το Τμήμα Διαχείρισης Πολιτισμικού Περιβάλλοντος και Νέων Τεχνολογιών με έδρα το Αγρίνιο.

Σύμφωνα με το άρθρο 40 του N. 3794/4-9-2009 «…Ιδρύεται Πανεπιστήμιο Δυτικής Ελλάδας ως αυτοτελές και πλήρως αυτοδιοικούμενο ανώτατο εκπαιδευτικό ίδρυμα με έδρα το Αγρίνιο…» και «…Τα τμήματα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων που εδρεύουν στο Αγρίνιο εντάσσονται στο Πανεπιστήμιο Δυτικής Ελλάδας…»

Σύμφωνα με το άρθρο 37 παρ. 4 του N. 3848/19-5-2010 «Με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και θρησκευμάτων, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, διαπιστώνεται η δυνατότητα ανεξάρτητης λειτουργίας του Πανεπιστημίου Δυτικής Ελλάδας. Έως την έκδοση της απόφασης αυτής, οι πάσης φύσεως πράξεις διοίκησης και οικονομικής διαχείρισης του Πανεπιστημίου Δυτικής Ελλάδας εκδίδονται από τα αρμόδια όργανα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, ύστερα από σύμφωνη γνώμη της κατά τις διατάξεις της παραγράφου Β.3. του άρθρου 40 του ν. 3794/2009 Διοικούσας Επιτροπής. Πράξεις που αφορούν τα παραπάνω θέματα και έχουν εκδοθεί από όργανα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων έως τη δημοσίευση του παρόντος νόμου θεωρείται ότι έχουν εκδοθεί αρμοδίως. Με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και θρησκευμάτων, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, ρυθμίζονται ειδικότερα θέματα που μπορεί να προκύψουν από την εφαρμογή των διατάξεων της παρούσας παραγράφου».

Σύμφωνα με το Προεδρικό Διάταγμα υπ’ αριθμ. 173/2009 (ΦΕΚ 206/2-10-2009 τ.Α’) ιδρύθηκε Τμήμα Αρχιτεκτόνων Μηχανικών ως ανεξάρτητο Τμήμα του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, του οποίου η έναρξη της εκπαιδευτικής του λειτουργίας ξεκινά από το ακαδημαϊκό έτος 2015-2016.

Ακόμη στο Πανεπιστήμιο ολοκληρώθηκε η λειτουργία τριών προγραμμάτων Σπουδών Επιλογής (Π.Σ.Ε.), τα οποία είναι: α) Βιοχημείας, β) Επιστημών και Πολιτισμού, γ) Εφαρμοσμένης Αγρο-οικολογίας.